Les recherches menées par le GREQAM dans les domaines de l’économie, les statistiques, les mathématiques ou la philosophie économique, sont structurées autour de six départements :
| Départments | Reponsables |
| Microéconomie | Alan Kirman |
| Macroéconomie | Alain Venditti |
| Économie publique | Hubert Stahn |
| Économétrie et statistiques | Michel Lubrano |
| Philosophie économique | André Lapied |
| Économie internationale | Pierre-Philippe Combes |
Chacun des six départements anime la recherche à travers des groupes de travail internes, des Séminaires ou des conférences internationales. C’est également au niveau du département que les étudiants de seconde année de mastère et de doctorat choisissent leurs directeurs, et que sont proposés des cours doctoraux thématiques. En général, chaque membre du GREQAM appartient à un seul département, même s’il peut être collaborer avec des collègues relevant d’autres départements.