Les recherches menées par le GREQAM dans les domaines de l’économie, les statistiques, les mathématiques ou la philosophie économique, sont structurées autour de cinq départements :
| Départements | Responsables |
| Philosophie économique et intervention publique | Olivier Bargain |
| Macroéconomie et économie internationale | Carine Nourry |
| Économétrie et statistiques | Michel Lubrano |
| Décision, interactions et réseaux | André Lapied |
| Développement et finance internationale (DEFI) | Gilles Dufrénot |
Chacun des cinq départements anime la recherche à travers des groupes de travail internes, des séminaires ou des conférences internationales. Chaque membre du GREQAM appartient à un seul département, même s’il peut être collaborer avec des collègues relevant d’autres départements.